Arrêt maladie auto-entrepreneur : indemnités et conditions

Un arrêt maladie, c’est le moment où l’on mesure ce que vaut son statut. En tant que micro-entrepreneur, tu n’as pas de salaire garanti ni d’employeur qui complète : la seule couverture automatique, ce sont les indemnités journalières de l’Assurance maladie. Elles existent bel et bien, mais elles sont soumises à des conditions et leur montant est souvent plus bas que ce que les gens imaginent. Voici comment ça marche en 2026, avec des exemples chiffrés.

Y as-tu droit ?

D’après ameli.fr, pour être indemnisé au titre de ton activité, tu dois remplir plusieurs conditions :

• 12 mois d’affiliation continus dans cette activité. En dessous, tu n’ouvres en principe pas de droits au titre de la micro-entreprise ; si tu avais une activité précédente (salarié, par exemple), ton arrêt peut parfois être indemnisé au titre du maintien de droits de cette activité : renseigne-toi auprès de ta CPAM.
• Une incapacité temporaire de continuer ou de reprendre ton activité, constatée par un arrêt de travail prescrit par un médecin (ou un chirurgien-dentiste, ou une sage-femme).
• L’arrêt effectif de ton activité pendant l’arrêt.
• Des cotisations à jour : la fiche de Service Public Entreprendre précise que tu dois aussi justifier du paiement d’une cotisation minimale au moment de la constatation médicale de l’incapacité.

Cette règle s’applique aux artisans, aux commerçants et aux professions libérales non réglementées (celles qui relèvent de la Sécurité sociale des indépendants), y compris en micro-entreprise. Les professions libérales réglementées (avocat, médecin, architecte…) dépendent d’autres caisses : vérifie auprès de la tienne.

Comment l’indemnité est calculée

L’indemnité journalière est égale à 1/730e de ton revenu d’activité annuel moyen, calculé sur la moyenne des revenus cotisés des 3 années civiles précédant l’arrêt. Pour un auto-entrepreneur, ameli indique que le revenu annuel correspond au chiffre d’affaires annuel diminué de l’abattement forfaitaire :

Activité	Abattement	Revenu retenu
BIC vente de marchandises	71 %	29 % du CA
BIC prestations de services	50 %	50 % du CA
BNC (professions libérales)	34 %	66 % du CA

Deux limites à connaître, fixées au 1er janvier 2026 :

• Un plafond : le revenu pris en compte ne peut pas dépasser le plafond annuel de la Sécurité sociale (48 060 €), donc l’IJ ne peut pas dépasser 65,84 € bruts par jour.
• Un plancher : si ton revenu annuel moyen sur les 3 années est inférieur à 10 % du plafond (soit 4 582 € pour un arrêt commençant en 2026), l’IJ est de 0 €.

Autrement dit, plus ton chiffre d’affaires est bas, moins tu es indemnisé, jusqu’à ne rien toucher du tout. C’est la contrepartie des cotisations très faibles de la micro-entreprise.

Trois exemples chiffrés

Pour rendre ça concret, voici ce que donne la formule (revenu moyen = CA moyen sur 3 ans après abattement, divisé par 730). Ces exemples sont des calculs de notre part à partir des règles ci-dessus, pas des montants garantis : seule la CPAM fixe ton indemnité.

Profil	CA annuel moyen	Revenu retenu	IJ par jour
Consultant (BNC)	24 000 €	15 840 €	≈ 21,70 €
Prestations de services (BIC)	30 000 €	15 000 €	≈ 20,55 €
Revente de marchandises (BIC)	40 000 €	11 600 €	≈ 15,89 €

Soit, pour un mois d’arrêt indemnisé (30 jours), de l’ordre de 650 € dans le premier cas. Les CA à partir desquels l’IJ tombe à zéro, d’après la formule et le seuil de 4 582 € : environ 6 940 € de CA moyen en BNC, 9 160 € en BIC prestations et 15 800 € en BIC vente.

Carence et versement

• Délai de carence de 3 jours : aucune IJ pour les 3 premiers jours de l’arrêt. Les IJ sont dues à compter du 4e jour. Le délai s’applique au début de chaque arrêt de travail.
• Pas de carence en cas de prolongation (si la reprise entre les deux arrêts ne dépasse pas 48 heures), pour un arrêt lié à une affection de longue durée (la carence ne compte alors que pour le premier arrêt sur 3 ans), ou après une fausse couche.
• Versement : la CPAM verse les IJ tous les 14 jours en moyenne, consultables dans ton compte ameli.
• Durée maximale : d’après Service Public Entreprendre, pas plus de 360 indemnités journalières sur une période de 3 ans, pour un ou plusieurs arrêts.
• Temps partiel thérapeutique : possible après un arrêt indemnisé à temps complet ; l’IJ est alors réduite de moitié, pour une durée limitée (90 jours, prolongeable dans des cas particuliers).

Les relevés d’IJ valident aussi des droits à la retraite : conserve-les.

Les démarches, dans l’ordre

1. Consulte ton médecin : il prescrit l’arrêt, en ligne de préférence. Ses règles : un arrêt ne peut pas dépasser 31 jours pour une première prescription, ni 62 jours pour une prolongation.
2. Envoie l’arrêt à ta CPAM dans les 48 heures. Si le médecin l’a fait en ligne, les données sont transmises automatiquement ; s’il utilise le formulaire papier sécurisé, tu dois envoyer les volets 1 et 2 à ta CPAM et garder le volet 3.
3. Ne déclare pas de chiffre d’affaires que tu n’as pas fait : si tu n’encaisses rien pendant l’arrêt, tu déclares 0 € (voir comment déclarer un chiffre d’affaires à zéro).
4. Suis tes paiements sur ton compte ameli, et conserve les relevés.

Cas particuliers

• Tu as moins de 12 mois d’activité : pas d’IJ au titre de la micro-entreprise en principe, sauf maintien de droits d’une activité précédente. Anticipe en gardant un matelas de trésorerie.
• Tu touches le chômage et tu es en arrêt maladie : l’Assurance maladie verse des IJ pour compenser la perte de tes allocations pendant l’arrêt, après le délai de carence.
• Accident du travail ou maladie professionnelle : tu ne cotises pas pour cette branche, donc tu es indemnisé aux mêmes taux et conditions que pour une maladie, avec la possibilité de souscrire une assurance volontaire.
• Revenus trop faibles : une assurance prévoyance facultative (contrat individuel) peut compléter les IJ. Compare les garanties, les franchises et les plafonds avant de signer.

Pour tout savoir sur ce que couvrent tes cotisations (maternité, invalidité, retraite…), lis notre guide de la protection sociale, et pour vérifier ce que tu paies, le guide des cotisations 2026.

Questions fréquentes

Un auto-entrepreneur a-t-il droit à un arrêt maladie ?

Oui, et à des indemnités journalières, à condition d’avoir 12 mois d’affiliation continus et d’avoir un arrêt de travail prescrit par un médecin. Le montant dépend de ton chiffre d’affaires des 3 années précédentes.

Combien touche un auto-entrepreneur en arrêt maladie ?

Entre 0 € et 65,84 € par jour en 2026. Avec 24 000 € de CA annuel en BNC, on arrive à environ 21,70 € par jour, calculés à partir du revenu après abattement divisé par 730.

Faut-il continuer à payer ses cotisations pendant l’arrêt ?

Les cotisations de la micro-entreprise sont calculées sur le chiffre d’affaires encaissé. Si tu ne factures rien pendant l’arrêt, tu déclares 0 € et tu ne paies rien. Pense quand même à déclarer, même à zéro.

Que faire si mon arrêt est refusé ou si je n’ai pas 12 mois d’affiliation ?

Renseigne-toi auprès de ta CPAM : selon ton parcours, ton arrêt peut être indemnisable au titre d’une activité précédente. Sinon, une prévoyance ou ton épargne de précaution prendront le relais.

Mon médecin a prescrit 3 mois : est-ce possible ?

Non, en principe : un arrêt est limité à 31 jours en première prescription et à 62 jours en prolongation, sauf dérogation justifiée par le professionnel de santé sur la prescription. Tu devras donc revoir ton médecin pour le renouveler.

Les indemnités journalières versées pendant un arrêt comptent aussi pour ta retraite. Pour le reste de l’année, vois le chiffre d’affaires à atteindre pour valider tes trimestres.

À lire aussi : Mutuelle auto-entrepreneur : obligatoire, déductible, quelle aide ?.

À lire aussi : Congé maternité en micro-entreprise : conditions et montants.

Sources

• ameli.fr : les indemnités journalières de l’artisan/commerçant — conditions d’affiliation, formule 1/730e, abattements des auto-entrepreneurs, plafond 65,84 €, seuil de 4 582 €, délai de carence, durées de prescription (page consultée le 18 octobre 2026).
• entreprendre.service-public.gouv.fr, fiche F23890 — protection sociale du commerçant et de l’artisan : délai de 48 heures, 360 IJ sur 3 ans, temps partiel thérapeutique (fiche vérifiée le 8 octobre 2026).
• entreprendre.service-public.gouv.fr, fiche F31233 — protection sociale du professionnel libéral : mêmes règles d’IJ (fiche vérifiée le 8 octobre 2026).

Cet article est un guide d’information, pas un conseil personnalisé. Les montants sont ceux de 2026 ; seule ta CPAM calcule ton indemnité. Contenu vérifié le 18 octobre 2026.